Третья церковь Свято – Троицкого монастыря — трапезная, двуглавая, во имя Сорока мучеников Севастийских, была построена в 1717 году. В дальнейшем к храму были пристроен одноэтажный корпус для кухни и братских келий. В западном столпе этого корпуса была построена домовая церковь митрополита Филофея в честь Боголюбской иконы Божией Матери, которую особо чтил святитель.
Церковь Сорока мучеников Севастийских. Фото конца ХIХ века
Внутреннее убранство церкви Сорока мучеников Севастийских
В 1890 году Мученическая церковь стоявшая более 50 лет без Богослужений, была отремонтирована на средства А.Ф.Смагина. Обе главы были покрашены и вызолочены оба креста. Из прежнего иконостаса иконы были вставлены в новый, простой работы, и подвинули престол несколько ближе восточной части алтаря. Освящение храма совершил епископ Иустин (Полянский).
Здание Горводоканала — на месте Мученической церкви
Церковь Сорока мучеников Севастийских была закрыта 11 августа 1923 года. В 1946 году было принято решение о строительстве Горводоканала. Тогда было принято решение о строительстве на территории Свято-Троицкого монастыря очистных сооружений. Церковь в честь 40 мучеников Севастийских и домовая церковь митрополита Филофея в честь Боголюбской иконы Божией Матери были снесены.